ＣＧのコメントでも書きましたが、私の知っている範囲の「おんぶシーン」では、萌え度が高いケースが「With You」の伊藤正樹と乃絵美を筆頭に「痕」の柏木耕一と初音、「同級生」の主人公と田中美沙、「加奈」の藤堂隆道と加奈。逆に低いケースが「同級生２」の主人公と都築こずえ及び主人公と片桐美鈴、「下級生」の主人公と橘真由美及び主人公と山下美夏、それから「同級生（Windows版）」の主人公と鈴木美穂、だと思います。
この萌え度の差がどこに起因するのかと考えてみると、あくまで独断ですが、やはり「おんぶされるキャラの人気」というのがまず第一の理由でしょうね。名実ともに「加奈」のヒロインである加奈は言うに及ばず、With Youでは鳴瀬真奈美と氷川菜織を差し置いて人気ダントツの乃絵美、同級生では桜木舞を完全に食ってしまった美沙。柏木４姉妹は（梓以外は）人気の甲乙をつけがたいですが、昨今の妹キャラ人気は、初音には決定的な追い風でしょう（というより、初音こそ「元祖妹キャラ」の１人かもしれません）。
それに対して同級生２の こずえと片桐先生、下級生の真由美と美夏は、こう言ってはなんですがそのゲームの中では人気が低いほうでしょう。同級生の美穂はそんなに人気が低くはないと思うのですが、かつて大好評を博したDOS版にはない、Windows版で追加されたイベントであることが不利に働いていると思います。
第二の理由は、私としてはむしろこっちが主であるかもしれないと思うのですが、おんぶされるに至った原因です。それぞれ

こうしてみると、萌え度の高いケースは病気・怪我・疲労で歩けなくなったことが直接的・間接的原因、低いケースは同じ歩けなくなるにしてもその原因が自業自得（やけ酒とか）であるか、真由美のように「おんぶされる必然性がない」という傾向がありそうです。